Sedona heeft een gematigd klimaat, met warme zomers en milde winters. De zomers kunnen heet aanvoelen, vooral in de lagere delen van de stad, maar de hoogte van Sedona zorgt voor koelere temperaturen dan in de omliggende woestijngebieden. De avonden zijn vaak aangenaam fris, zelfs tijdens de heetste maanden. In de winter kan het soms koud zijn, vooral ’s nachts, en er is af en toe sneeuw, vooral op de hoger gelegen gebieden. Sedona heeft ook een relatief droog klimaat, met weinig regenval gedurende het jaar