De Eco Galaxy II vaart het hele jaar door in de Galapagosarchipel. Er zijn routes van 5 dagen/ 4 nachten, twee verschillende routes van 6 dagen/5 nachten en twee routes kunnen gecombineerd worden, waardoor 10- en 11-daagse varianten ontstaan. Sommige cruises starten vanaf Baltra, andere vanaf San Cristóbal. De cruises eindigen eveneens op één van beide eilanden.
De verschillende gebieden die aangedaan worden bij de cruises:
- De 5-daagse cruise begint op San Cristóbal. U vaart naar Santa Fe, South Plaza, North Seymour, Mosquera, Genovesa en Santa Cruz. De route eindigt op Baltra.
- De eerste 6-daagse cruise gaat naar de westelijke eilanden: Baltra, Santa Cruz, Isabela, Fernandina, Santiago en Rábida. De cruise eindigt ook weer bij Santa Cruz en Baltra.
- De tweede 6-daagse cruise begint op Baltra en voert u langs Santa Cruz, Santiago, Floreana, Española en eindigt op San Cristóbal.
Welke van de bovenstaande vaarschema’s u ook kiest: er zijn zoveel dieren te zien. Met een kleinere boot, een zogenaamde panga, maakt u excursies naar de kust. Het is lastig aan te geven welke dieren u ziet tijdens een cruise. Alles leeft tenslotte in het wild. Maar zeeleeuwen, zeeschildpadden, zeehonden, roggen, leguanen, pinguïns, haaien, tropische vissen, scholen pelagische vissen en tal van vogels worden over het algemeen gezien.